Trong 12 người bị đưa ra xét xử trong 6 ngày, ba người không thừa nhận hành vi là Nguyễn Minh Khoa (cựu thượng tá, cựu phó Phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La), Trần Xuân Yến (cựu phó giám đốc sở Giáo dục và Đào tạo), Trần Văn Điện (giáo viên). 9 người còn lại mong được giảm nhẹ hình phạt.
Ông Khoa cho rằng bản luận tội của VKS rất chung chung và thiếu căn cứ chứng minh ông hối lộ một tỷ đồng cho Lò Văn Huynh (cựu trưởng Phòng khảo thí, Sở Giáo dục và Đào tạo Sơn La). Ông Khoa phản bác khi VKS không dùng các kết quả tranh tụng tại toà để làm căn cứ luận tội mà chỉ sử dụng các tài liệu điều tra. Hơn nữa, VKS cũng không chỉ ra chứng cứ cụ thể để buộc tội bị cáo Khoa, ngoài lời khai của ông Huynh trong giai đoạn điều tra ban đầu.
Trong lời nói sau cùng, ông Khoa đề nghị HĐXX tuyên ông vô tội và trả tự do tại toà để trở về với gia đình.
Như ông Khoa, cựu phó giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo Trần Xuân Yến cho rằng lời khai của cấp dưới và nhiều tình tiết trong cáo trạng "không chính xác". Cụ thể, ông không nhờ nâng điểm mà chỉ dặn bà Nguyễn Thị Hồng Nga (chuyên viên phòng khảo thí) xem điểm giúp 13 thí sinh mà ông nhận thông tin từ cựu giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo Hoàng Tiến Đức. Sau khi có kết quả chấm thẩm định, ông mới được thông báo 13 trường hợp ông nhờ đều bị giảm điểm.
Ông Yến cũng phủ nhận thông tin tạo điều kiện cho cấp dưới sửa điểm thi. Trong tất cả cáo buộc, ông Yến chỉ thừa nhận có thiếu sót duy nhất trong việc đóng, mở niêm phong túi đựng bài thi và việc này không có mục đích tạo điều kiện cho các bị cáo thực hiện hành vi phạm tội.
Cáo trạng truy tố bà Nga khi thực hiện nhiệm vụ đã nhận 1,04 tỷ đồng của thầy giáo Điện để nâng điểm cho bốn thí sinh. Tuy nhiên tại toà, bị cáo Điện không thừa nhận hành vi này. Ông Huynh cũng nhận của Khoa một tỷ đồng để nâng điểm cho hai thí sinh, 300 triệu đồng để nâng điểm cho con trai bị cáo Lò Thị Trường. Bà Cầm Thị Bun Sọn (Phó phòng Chính trị Tư tưởng) nhận 440 triệu đồng của bà Hoàng Thị Thành (cựu chủ tịch hội nông dân huyện Quỳnh Nhai) để sửa bài thi cho một thí sinh là con trai bà Thành.
Tại toà, bà Thành, Trường đều thừa nhận mọi hành vi và cho rằng vì mong con đỗ vào trường công an nên mới "chạy điểm".
Trong quá trình xét xử, từ ngày 21/5, đại diện VKSND tỉnh Hòa Bình bảo lưu quan điểm truy tố với 12 bị cáo và cho rằng vụ án này người có vai trò chính là ông Yến, những người còn lại đồng phạm với vai trò giúp sức tích cực. Nhóm bị cáo vì động cơ vụ lợi và lợi dụng chức vụ đã cùng nhau nhận thông tin, tác động nâng điểm cho 44 thí sinh, từ 29/6 đến 3/7/2018 tại kỳ thi THPT quốc gia 2018.