Trong số các bị cáo, ông Đoàn Văn Huấn, Chủ tịch Công ty Thái Dương, bị truy tố ba tội danh: "Vi phạm quy định về thăm dò, khai thác tài nguyên", "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng", và "Gây ô nhiễm môi trường".
Nhóm cựu lãnh đạo và cán bộ thuộc Bộ TNMT cùng Sở TNMT tỉnh Yên Bái, bao gồm cựu Thứ trưởng Nguyễn Linh Ngọc, cựu Tổng Cục trưởng Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Nguyễn Văn Thuấn, và một số cựu vụ trưởng, giám đốc sở, chuyên viên, bị truy tố về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí". Các bị cáo khác trong vụ án đối mặt với các cáo buộc như buôn lậu, tiêu thụ tài sản do phạm tội mà có, gây ô nhiễm môi trường và vi phạm kế toán.
Theo cáo trạng, từ năm 2019 đến 2023, ông Đoàn Văn Huấn đã chỉ đạo Công ty Thái Dương khai thác trái phép quặng đất hiếm và quặng sắt tại mỏ Yên Phú (Yên Bái). Tổng giá trị khoáng sản khai thác trái phép được xác định là hơn 864 tỷ đồng, trong đó công ty đã tiêu thụ số quặng trị giá hơn 763 tỷ đồng. Ngoài ra, ông Huấn còn chỉ đạo việc lập hai hệ thống sổ sách kế toán, gây thiệt hại hơn 9,6 tỷ đồng tiền thuế.
Cụ thể, cơ quan điều tra xác định rằng vào năm 2012, ông Nguyễn Linh Ngọc, khi đó là Thứ trưởng Bộ TNMT, được giao phụ trách lĩnh vực địa chất và khoáng sản.
Trước đó, từ năm 2011, Tổng cục Địa chất và Khoáng sản - đơn vị có nhiệm vụ tiếp nhận, thẩm định hồ sơ cấp giấy phép khai thác khoáng sản nhận hồ sơ xin cấp phép khai thác đất hiếm tại mỏ Yên Phú của Công ty Thái Dương nên bị cáo Ngọc ký báo cáo gửi Thủ tướng Chính phủ về việc cấp giấy phép và nêu rõ “hồ sơ đề nghị cấp phép đã đủ điều kiện”.
Văn phòng Chính phủ có công văn giao các bộ chỉ đạo chủ đầu tư lập dự án đầu tư chế biến sâu đất hiếm, báo cáo đánh giá tác động môi trường... Thủ tướng cũng có chỉ thị về việc tăng cường công tác quản lý Nhà nước đối với các hoạt động thăm dò, khai thác, chế biến, sử dụng và xuất khẩu khoáng sản.
Theo ý kiến chỉ đạo của Chính phủ, Công ty Thái Dương đã lập Dự án Đầu tư xây dựng tổ hợp chế biến sâu đất hiếm gồm Nhà máy thủy luyện để chế biến ô xít đất hiếm tại Yên Bái và Nhà máy chiết tách - chế biến ô xít đất hiếm tại Đình Vũ (Hải Phòng).
Ngày 14-12-2012, Văn phòng Chính phủ có công văn gửi Bộ TNMT, Bộ Công Thương, UBND tỉnh Yên Bái thông báo ý kiến của Thủ tướng Chính phủ: “Đồng ý về nguyên tắc việc khai thác, chế biến quặng đất hiếm Yên Phú với điều kiện: quặng đất hiếm phải chế biến sâu, không xuất khẩu quặng thô và thực hiện các nghĩa vụ theo quy định của pháp luật về khoáng sản; không chuyển nhượng quyền khai thác cho tổ chức, cá nhân nước ngoài”.
Nhận văn bản trên, Thứ trưởng Nguyễn Linh Ngọc chỉ đạo Tổng cục Địa chất và Khoáng sản hoàn thiện hồ sơ cấp phép cho Công ty Thái Dương.
Tại thời điểm này, dự án đã thay đổi cả về quy mô và tính chất; không chỉ có dự án khai thác, tuyển quặng như khi xin cấp phép năm 2011 mà bao gồm cả 3 dự án không thể tách rời, gồm: Dự án Khai thác, tuyển quặng; Dự án Nhà máy thủy luyện Yên Bái và Dự án Nhà máy chiết tách Hải Phòng.
Tuy nhiên, hồ sơ xin cấp phép của Công ty Thái Dương chỉ có Giấy chứng nhận đầu tư Dự án Khai thác, tuyển quặng do UBND tỉnh Yên Bái cấp năm 2011 (hết hạn năm 2012) nhưng chưa được gia hạn hoặc cấp mới; không có giấy chứng nhận đầu tư nhà máy thủy luyện Yên Bái và nhà máy chiết tách Hải Phòng.
Ngoài ra, vốn chủ sở hữu của Công ty Thái Dương không đảm bảo tỷ lệ bằng 30% tổng số vốn đầu tư của dự án (chỉ có 200 tỷ đồng, còn tổng mức đầu tư 1.953 tỷ), việc này vi phạm luật khoáng sản.
Dù vậy, nhóm cán bộ tại Tổng cục Địa chất và Khoáng sản vẫn sử dụng kết quả thẩm định cũ từ năm 2011 để trình hồ sơ. Thứ trưởng Nguyễn Linh Ngọc tuy biết Công ty Thái Dương chưa đủ điều kiện nhưng vẫn ký chấp nhận cấp giấy phép vào năm 2013.
Hành vi của nhóm lãnh đạo, cán bộ Bộ TNMT và Sở TNMT tỉnh Yên Bái được cho là đã tạo điều kiện cho ông Đoàn Văn Huấn tổ chức khai thác và tiêu thụ trái phép lượng lớn khoáng sản có trị giá tới 736 tỷ đồng, gây ra thiệt hại nghiêm trọng cho tài sản Nhà nước.
PV (SHTT)