Theo cáo trạng, giai đoạn 2008 đến 2018, Đinh Ngọc Hệ nhờ người thân và bạn đứng tên đại diện theo pháp luật, cổ đông hoặc thành viên góp vốn để thành lập một số công ty. Trong đó, Phạm Văn Diệt được đứng tên làm Tổng Giám đốc điều hành Công ty Đức Bình; Trần Lê Toàn là Kế toán trưởng Công ty cổ phần Đầu tư Cái Mép.
Tại Công ty cổ phần Đầu tư Cái Mép, trong quá trình hoạt động từ tháng 3/2008 đến tháng 4/2016, công ty này đã ký hợp đồng liên kết, hợp tác kinh doanh với một số đơn vị quân đội trên 8 khu đất quốc phòng, nhưng bản chất là thuê đất.
Sau đó, Công ty cổ phần Đầu tư Cái Mép hợp tác kinh doanh với các đối tác khác rồi thu về khoản lợi nhuận cố định, không phụ thuộc vào kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh của hợp đồng. Tuy nhiên, cơ quan tố tụng xác định, thực chất đây là cho đối tác khác thuê lại.
Giai đoạn 2011 đến 2018, Công ty cổ phần Đầu tư Cái Mép có tổng doanh thu theo những hợp đồng hợp tác kinh doanh với các đối tác trên 8 khu đất với số tiền khoảng 133,6 tỷ đồng.
Sau đó, Đinh Ngọc Hệ đã chỉ đạo Phạm Văn Diệt, thống nhất với Trần Lê Toàn không thực hiện kê khai thuế, kê khai không đầy đủ, để ngoài sổ sách và không xuất hóa đơn các khoản thu đó. Mục đích để cho Công ty cổ phần Đầu tư Cái Mép trốn đóng thuế Nhà nước với tổng số tiền hơn 39,7 tỷ đồng.
Cáo trạng nêu rõ, trong vụ án này, bị cáo Đinh Ngọc Hệ giữ vai trò là người cầm đầu, khởi xướng. Bị cáo Phạm Văn Diệt là người thực hành, trách nhiệm đứng sau bị can Hệ. Bị cáo Trần Lê Toàn giữ vai trò đồng phạm, chịu trách nhiệm hình sự sau Đinh Ngọc Hệ và Phạm Văn Diệt.
Ngoài vụ án này, trước đó Đinh Ngọc Hệ lĩnh án trong ba vụ án khác. Cuối năm 2018, Đinh Ngọc Hệ bị Tòa án Quân sự Trung ương tuyên phạt 12 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” và tội “Sử dụng giấy tờ giả của cơ quan tổ chức”.
Năm 2020, Tòa án án Quân sự Trung ương tiếp tục tuyên phạt Đinh Ngọc Hệ 20 năm tù về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”. Tháng 5/2021, TAND cấp cao tại TP Hồ Chí Minh tuyên phạt Đinh Ngọc Hệ tù chung thân về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” và tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi”.